Πέραν των πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών προβλημάτων, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει δύο σημαντικά εμπόδια στην πολιτική του για την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους: πρώτον την εχθρότητα Γαλλίας και Αγγλίας, τα γεωστρατηγικά συμφέροντα των οποίων στην Ανατολική Μεσόγειο κινδύνευαν από την προοπτική δημιουργίας ενός νέου και δυναμικού ναυτικού και εμπορικού κράτους έξω από τον έλεγχό τους, ή χειρότερα, υπό την επιρροή της Ρωσίαςˑ δεύτερον, τους φατριασμούς και τα τοπικιστικά, οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων, Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι και επεδίωκαν διατήρηση των προνομίων και συμμετοχή στη νομή της εξουσίας. Εν τέλει ο συνδυασμός των παραπάνω παραγόντων προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε στην πολιτική και φυσική εξόντωση του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας στις 9 Οκτωβρίου 1831 (27 Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο).
