Μετά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο η συρρικνωμένη ελληνική Κοινότητα της Βενετίας προικοδότησε το Ελληνικό Ινστιτούτο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Σπουδών που θα ιδρυόταν στην πόλη των τεναγών με όλη την ακίνητη και κινητή περιουσία της, συμπεριλαμβανομένων των βιβλίων, του αρχείου, των χειρογράφων, των εικόνων και των άλλων κειμηλίων που είχε στην κατοχή της. Το Ελληνικό Ινστιτούτο, το μοναδικό ελληνικό ερευνητικό κέντρο στο εξωτερικό, ιδρύθηκε το 1951 με έδρα το μέγαρο της Φλαγγινείου Σχολής και άρχισε να λειτουργεί το 1958. Σκοπός του Ινστιτούτου είναι προαγωγή των βυζαντινών και μεταβυζαντινών σπουδών και ειδικότερα η μελέτη της ιστορίας του λατινοκρατούμενου ελληνισμού με βάση τα αρχεία της Ιταλίας, ιδιαίτερα αυτά της Βενετίας. Η έρευνα στα αρχεία και στις βιβλιοθήκες διεξάγεται κυρίως από έλληνες πτυχιούχους πανεπιστημίων, στους οποίους χορηγείται υποτροφία από την Ακαδημία Αθηνών μετά από εξετάσεις. Το Ινστιτούτο χορηγεί, επίσης, φιλοξενία σε έλληνες και ξένους ερευνητές των οποίων οι εργασίες εντάσσονται στα επιστημονικά ενδιαφέροντα του ιδρύματος. Στο περιοδικό του Ινστιτούτου «Θησαυρίσματα» δημοσιεύονται κάθε χρόνο οι καρποί των ερευνών των υποτρόφων και των φιλοξενουμένων, καθώς και μελετήματα επιστημόνων που ασχολούνται με την ιστορία των λατινοκρατούμενων ελληνικών περιοχών. Παράλληλα, έλληνες και ξένοι επιστήμονες δημοσιεύουν μονογραφίες στις εκδοτικές σειρές του Ινστιτούτου «Βιβλιοθήκη», «Ελληνολατινική Ανατολή», «Graecolatinitas Nostra. Πηγές», «Θωμάς Φλαγγίνης». Διευθυντές του Ινστιτούτου διετέλεσαν η Σοφία Αντωνιάδη (1955-1966), ο Μανούσος Μανούσακας (1966-1982), ο Νικόλαος Παναγιωτάκης (1989-1997) και η νυν διευθύντρια Χρύσα Μαλτέζου (Μάιος 1998).











